Als Pfarrer und Oppositioneller mischte Markus Meckel in der DDR-Friedensbewegung aktiv mit. Die Folge: Abiturverbot durch den Staat, dann unangepasster Pfarrer und jahrelang im Visier der Stasi. Trotzdem wollte Markus Meckel seine ostdeutsche Heimat niemals verlassen. Stattdessen trat er an, das System von innen zu reformieren. Im Oktober 1989 gründete er die SDP, die bei der ersten und letzten freien Volkskammerwahl in der DDR antrat. Meckel nahm für seine Partei an den Gesprächen des Runden Tisches teil. Außerdem leitete er als letzter Außenminister der DDR 1990 die ostdeutsche Verhandlungsdelegation bei den Zwei-plus-Vier-Gesprächen, in denen mit den Siegermächten des Zweiten Weltkrieges die Bedingungen der Wiedervereinigung Deutschlands ausgehandelt wurden. Im Bundestag machte sich der profilierte Außenpolitiker zudem für die Gründung der Enquete-Kommission Bundesstiftung zur Aufarbeitung der SED-Diktatur stark. In der von ihm ins Leben gerufenen Stiftung Aufarbeitung der SED-Diktatur ist er bis heute aktiv.